O sismo aconteceu às 21h31 de domingo em Lisboa, com epicentro na ponta da península de Noto, referiu a Agência Meteorológica do Japão (JMA, na sigla em inglês).
As autoridades referiram que o abalo causou o desmoronamento de três habitações, mas sem causar quaisquer vítimas.
A televisão pública japonesa NHK mostrou imagens de uma casa com paredes muito danificadas e o telhado parcialmente caído.
Nenhuma anomalia foi detetada nas centrais nucleares do país, garantiu o porta-voz do Governo japonês, Yoshimasa Hayashi.
O sismo foi seguido de várias réplicas, incluindo um abalo de magnitude 4,8.
"A área está sujeita a atividade sísmica há mais de três anos, incluindo o terramoto de magnitude 7,6 ocorrido em 1 de janeiro deste ano. Isto deverá continuar num futuro próximo, por isso continuem a ter cautela", lembrou a JMA.
A agência também reiterou os perigos que aluimentos de terra e quedas de rochas podem causar na península de Noto, riscos reforçados pela chuva que se tem registado na região.